মানবতাবিরোধী অপরাধের মামলায় জামায়াতে ইসলামীর নায়েবে আমির মাওলানা আবদুস সুবহানের বিরুদ্ধে মোট নয়টি অভিযোগ এনেছে রাষ্ট্রপক্ষ। আট ধরনের অপরাধে তার বিরুদ্ধে এই নয়টি অভিযোগ আনা হয়েছে। এর মধ্যে হত্যা, গণহত্যা, অপহরণ, আটক, নির্যাতন, লুটপাট, অগ্নিসংযোগ ও ষড়যন্ত্র রয়েছে।

অভিযোগগুলো হলো-

১. সহযোগী জামায়াত নেতা ও বিহারীদের নিয়ে পাবনার ঈশ্বরদীতে জামে মসজিদে আশ্রয় নেওয়া স্বাধীনতাকামী লোকেদের অপহরণ করে হত্যা।

২. ১৯৭১ সালের ১৩ এপ্রিল সুবহানের নেতৃত্বে ও উপস্থিতিতে ঈশ্বরদীর যুক্তিতলা গ্রামে অভিযান চালিয়ে লুটপাটসহ ব্যাপক ক্ষতিসাধন করে তিনজনকে গুরুতরভাবে আহত এবং পাঁচজন নিরস্ত্র লোককে হত্যা।

৩. ১৯৭১ সালের ১৬ মে ঈশ্বরদী অরণখোলা গরুর হাট থেকে দুইজনকে অপহরণ করে জেলা পরিষদ ডাক বাংলোতে (ঈশ্বরদী, পাবনা) নিয়ে নির্যাতন।

৪. ওই বছরের ২ মে তার নেতৃত্বে পাকিস্তানী সেনাবাহিনী কর্তৃক ঈশ্বরদীর সাহাপুর গ্রামে অসংখ্য বাড়িঘরে লুটপাট করে বাড়িঘর আগুন দিয়ে পুড়িয়ে দেওয়া এবং কয়েকজনকে হত্যা।

৫. ১১ মে তার নেতৃত্বে ও উপস্থিতিতে পাকিস্তানী সেনাবাহিনী পাবনা সদর থানার কুলনিয়া ও দোগাছি গ্রামে অভিযান চালিয়ে সাতজন নিরীহ-নিরস্ত্র, স্বাধীনতাকামী লোককে হত্যা এবং কয়েকটি বাড়িঘর পুড়িয়ে দেওয়া।

৬. ১২ মে তার নেতৃত্বে পাকিস্তানী সেনাবাহিনীর একটি বিরাট বহর সুজানগরের কয়েকটি গ্রামে অভিযান চালিয়ে তিন-চারশ’ মানুষকে হত্যা এবং বিভিন্ন বাড়িঘরে লুটপাট চালানো ও পুড়িয়ে দেওয়া।

৭. ২০ মে সুবহানের নেতৃত্বে পাবনা সদর থানার ভাড়ারা গ্রামে ১৮ জনকে অপহরণ করে হত্যা। এদের মধ্যে একজনকে ওই গ্রামের একটি স্কুলে হত্যা করা হয়। বাকি ১৭ জনকে সদর থানার নূরপুর বিদ্যুৎকেন্দ্রে নিয়ে নির্যাতনের পরে আটঘরিয়া থানার দেবত্তোর বাজারের পাশে বাঁশবাগানে গুলি করে হত্যা করা হয়।

৮. ১৯৭১ সালের সেপ্টেম্বর মাসের প্রথম সপ্তাহে রাজাকারদের সঙ্গে নিয়ে আতাইকুলা থানার (প্রাক্তন পাবনা সদর থানা) দুবলিয়া বাজার থেকে দুইজন স্বাধীনতাকামী লোককে অপহরণ করে কুচিয়ামাড়া গ্রামে একটি মন্দিরে নিয়ে গুলি করে হত্যা।

৯. ৩০ অক্টোবর রাজাকারদের সঙ্গে নিয়ে ঈশ্বরদীর বেতবাড়িয়া গ্রামে অভিযান চালিয়ে কয়েকটি বাড়িতে লুটপাট চালিয়ে পুড়িয়ে দেওয়া এবং চারজনকে অপহরণের পর হত্যা।